惑星エル・ファシルからの民間人救出の功により、突如若き英雄となったヤン・ウェンリーに、新たな任務が課せられた。

自由惑星同盟との不毛な戦闘を繰り返す銀河帝国。

腐敗した貴族制度を一掃し、最愛の姉を皇帝から取り戻す―ラインハルトとその親友キルヒアイスは、銀河帝国の現王朝打倒を誓い合った。

銀河帝国からの亡命者とその子孫で構成される“薔薇の騎士”連隊。

最前線イゼルローン要塞への引越を機に、日記をつけ始めた少年ユリアン。

腹心の部下ヒルダを皇妃に迎え、世継ぎの誕生を待つばかりとなったラインハルト。

前指導者の遺志を継ぎ、共和政府を樹立した不正規隊の面々。

銀河系に一大王朝を築きあげた帝国と、民主主義を掲げる自由惑星同盟が繰り広げる飽くなき闘争のなか、若き帝国の将“常勝の天才”ラインハルト・フォン・ローエングラムと、同盟が誇る不世出の軍略家“不敗の魔術師”ヤン・ウェンリーは相まみえた。

亡き親友との銀河の覇者となる約束を果すべく決意を新たにしたラインハルトに、イゼルローン攻略のための大計が献じられた。

フェザーンを制圧下に置いた帝国軍は、今や同盟首都の目前にまで迫っていた。

第三勢力フェザーンに操られた門閥貴族の残党が七歳の皇帝を誘拐、自由惑星同盟の協力を得て帝国正統政府樹立を宣した。

宿敵ヤン・ウェンリーと雌雄を決するべく、帝国軍の総力をイゼルローン回廊に結集させた皇帝ラインハルト。

今や至尊の冠を戴く存在となったラインハルトを襲う暗殺事件。

自由惑星同盟でクーデター勃発。

退役生活に別れを告げ、“不正規隊”を連れエル・ファシルの独立革命政府と合流したヤンは、二度目のイゼルローン攻略を目論む。